由于邮件应用程序的不同，从邮件存档删除消息时默认的行为可能也会不同。在 Lotus Notes 中，有一个“软删除”功能，它允许邮件在特殊文件夹“垃圾箱”中保留有限的一段时间（默认为 48 小时）。在此之后，消息会永久性删除。Outlook 的表现在许多方面与 Lotus Notes 相同。它将已删除的邮件移动到“已删除邮件”文件夹中，但是此操作没有相关的时间限制。用户清空“已删除邮件”文件夹时，Outlook 将永久性删除邮件。

在任意一种情况下，Desktop Agent 都会在下一个备份操作过程中复制删除的邮件。如果用户不小心删除了邮件存档中的邮件，则必须恢复该邮件。因为没有保留电子邮件存档版本，所以永久性删除的邮件在超过时限或用户已手动清空该文件夹后不可用。